El desarrollo en Ciencia Tecnología e Innovación para el sector de los Biocombustibles en Colombia se estructurará con base en los objetivos y áreas programáticas definidas en el Plan Nacional de Desarrollo (PND) 2006 - 2010 “Estado Comunitario: Desarrollo para Todos” en materia de Ciencia, Tecnología e Innovación (CTI), el cual está fundamentado en el Plan Nacional de Desarrollo Científico, Tecnológico y de Innovación 2007 – 2019, formulado por COLCIENCIAS y el Departamento Nacional de Planeación. Estas áreas son acordes con la misión definida para el Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (SNCTI): “Producir, difundir y usar el conocimiento para contribuir a la transformación productiva y social del país a fin de garantizar un mayor nivel de competitividad y desarrollo humano sostenible.” Con base en el diagnóstico del sector de biocombustibles y con los objetivos de política pública, se recomienda en el Documento Conpes 3510 “Lineamientos de Política para Promover la Producción Sostenible de Biocombustibles en Colombia” implementar estrategias orientadas a generar las condiciones necesarias para el mejoramiento de la eficiencia productiva de la agroindustria de los biocombustibles, de manera económica, social y ambientalmente sostenible. Se debe promover en primera instancia que las acciones gubernamentales estén orientadas a la consolidación del mercado doméstico y a generar los incentivos apropiados para que la industria local se prepare para competir en el mercado internacional, una de estas acciones es consolidar el sistema nacional de investigación en el área.