COLCIENCIAS en sus años de existencia ha promovido innovaciones organizacionales y sociales que han propiciado la consolidación de capacidades para la ciencia, la tecnología y la innovación. A la par ha promovido su propio cambio para permanecer como un organismo de ciencia, tecnología e innovación viable, capaz de responder a las demandas de políticas e instrumentos de fomento de la ciencia, la tecnología y la innovación en el país. En este artículo se destacan los hechos que marcaron hitos en la historia de COLCIENCIAS como Fondo, como Instituto y como Departamento Administrativo.