El propósito central de Programa Nacional de Ciencias del Medio Ambiente y del Hábitat es consolidar un Programa de Investigación Ambiental para Colombia en sus dos grandes temas: Medio Ambiente, o ambiente natural, y Hábitat, o ambiente construido. Buscamos consolidar un Programa de largo plazo; que responda a los requerimientos ecoregionales; que sea coherente con las necesidades del conocimiento, conservación, recuperación y mejoramiento del patrimonio ecológico del país, y que trabaje por mejorar la calidad de vida de la población colombina, bajo la filosofía del Desarrollo Sostenible, es decir, buscando el Desarrollo Económico, la Ecoeficiencia y la Equidad Social en un justo balance. El objetivo central del Plan Estratégico 1999-2004 del Programa Nacional de Ciencias del Medio Ambiente y del Hábitat, es consolidar y priorizar los lineamientos para un Programa de Investigación Ambiental para Colombia; acordar una filosofía, metas y líneas de investigación a más largo plazo, que respondan a las necesidades del país y que permitan que los recursos finitos de COLCIENCIAS, se utilicen en apoyo a proyectos orientados a resolver problemas de alta prioridad nacional, atendiendo los requerimientos específicos de la ecoregión de impacto.